peak峰图是一类常见的可视化方法。 Peak峰图中，每个轨道展示对应样本的reads分布，底部通常为目标基因结构注释轨道，对比IP和input可分析样本在目标区域甲基化修饰/蛋白结合程度（如图1）。

2022年1月6日 · 这个结果中已经有了Peak区间的相关基因注释，但是没有功能区域注释，即所有文章中最常见的这幅图： image 对于左图，我们这里给大家介绍绘制m6A修饰位点在基因组上的分布特征图可视化包：Guitar包

2021年8月24日 · 从上面那张流程图里我们可以看到Peak Calling有三个软件：MACS2，exomePeak/exomePeak2，MeTPeak，也是目前市面上m6A分析数据中最常用的三款软件。 关于其中两个软件有篇文献做了测评和比较： 目前对MeRIP-Seq数据进行m6A peak calling分析的软件有两类，一类是早先为ChIP-Seq 数据分析 所研发的软件，如MACS；另一类则是专门为转录组m6A位点检测而开发的如exomepeak，HEPeak及在前两者基础上发展 …

2021年10月27日 · Call Peak其实是一种计算方法，用于识别基因组中由测序得到的比对reads富集的区域。 其实通俗的来说Call peak就是把我们有蛋白富集到核酸时的区域给找出来。

2023年12月16日 · ChIPseeker 基于 annotatePeak 函数做注释虽然使用起来很简单，但在其内部却存在着三种独立的注释方式，分别为 nearest gene annotation 、 genomic annotation 、 flankDistance。 下面咱们就来具体看看这三种注释方式分别是什么，以及哪些参数可以控制其行为。 该注释与其他软件理念一致，就是根据距离寻找与 peak 的最近基因，距离的计算依据是 TSS，即注释结果中的 distanceToTSS 列。 该注释方式其实是由内部的 …

exomePeak是一个用于检测MeRIP-seq数据中转录后RNA修饰位点的R软件包，使用exomePeak分析可以解决转录组的异质性问题，大大简化了MeRIP-seq数据的分析流程。 输入和输出： exomePeak软件的输入是IP样本 bam文件、对照组Input样本bam文件和基因组注释gtf文件。 它以bed12的格式输出外显子区域鉴定的peak。 bam文件最好可以通过一些转录组比对软件（如Tophat）进行比对，基因组gtf注释文件应包含用户感兴趣的所有转录本。 它可以是从数据库 …

易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。 广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域；可应用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测。 大样本量m6A-QTL性状关联分析，传统MeRIP单个样品价格高，通常难以承 …

exomePeak是一个用于检测MeRIP-seq数据中转录后RNA修饰位点的R软件包，使用exomePeak分析可以解决转录组的异质性问题，大大简化了MeRIP-seq数据的分析流程。 输入和输出： exomePeak软件的输入是IP样本 bam文件、对照组Input样本bam文件和基因组注释gtf文件。 它以bed12的格式输出外显子区域鉴定的peak。 bam文件最好可以通过一些转录组比对软件（如Tophat）进行比对，基因组gtf注释文件应包含用户感兴趣的所有转录本。 它可以是从数据库 …

R0 h和R48 h之间的peak差异分析表明存在三个受感染调控的peak相关基因。 本研究更好地了解SmTCP7a对青枯菌的潜在靶基因，有助于全面了解茄子（Solanum melongena L.）防御青枯病过程中的SmTCP7a调控机制。

Here we describe ASPeak (abundance sensitive peak detection algorithm), an implementation of an algorithm that we previously applied to detect peaks in exon junction complex RNA immunoprecipitation in tandem experiments.