2020年5月7日 · 在TCGA项目中，使用Affymetrix SNP 6.0芯片来分析CNV, 首先使用DNACopy这个R包来计算拷贝数，然后用GISTIC2根据CNV来评估基因的变化情况，识别loss还是gain, 流程示意如下

The CNVpytor track (type = 'cnvpytor') is a tool for copy number analysis from read depth and B-allele frequency (BAF) of variants. As input, it takes BAM and/or VCF files. The analyzed data is stored in pytor file and can be viewed using cnvpytortrack in igv. One can also use a whole genome VCF file as an input to the cnvpytortrack.

2022年6月8日 · 比如文章：《Patient-Derived Organoids Can Guide Personalized-Therapies for Patients with Advanced Breast Cancer》，就是挑选了几个病人进行类似于IGV一样的CNV可视化：

2021年6月7日 · 官网的使用手册包含以下18个方面，我主要关注的是 Viewing Data 和 Viewing Alignments。 1. Viewing Data. IGV的一条track代表一个样本或试验，每条track，IGV都会展示track identifier，一个或多个属性，和track数据，如图所示。 当导入文件时，IGV会根据文件的后缀名自动识别文件。 如下图所示。 IGV可以像曼哈顿图那样展示GWAS数据。 2. Viewing Alignments. 看的最多的比对文件就是下机数据比对到基因组的sam/bam文件。 导入IGV的bam …

一、软件下载 http://software.broadinstitute.org/software/igv/download这里以下载 Windows 版本为例，下载带有 Java 的版本，方便安装。 由于大部分数据是通过服务器跑出的结果，所以也有小伙伴有在 Linux 服务…

2021年8月6日 · 这里推荐几种方式：配合远程控制软件来使用，国产推荐 Todesk，向日葵话说目前有部分单位禁止远程软件，推荐结合 Jupyter 来使用建立 FTP 来通过 url 访问建议最好安装 …

Use igv.js to embed an interactive genome visualization component in your web app. A Python package that wraps igv.js for embedding in an IPython notebook. Supports both Jupyter and Google Colab. Generate self-contained HTML reports that consist of a table of genomic sites and associated IGV views for each site.

Numeric focal-level Copy Number Variation (CNV) values were generated with "Masked Copy Number Segment" files from tumor aliquots using GISTIC2 [2], [3] on a project level. Only protein-coding genes were kept, and their numeric CNV values were further thresholded by …

2024年10月4日 · IGV 支持芯片数据，NGS 数据，基因组注释等多种类型的数据，各种类型的信息以行为单位进行展示，称为 track，不同类型的 数据可视化 方式不同。 官网：https://software.broadinstitute.org/software/igv/ 网页版：https://igv.org/app/ 1. 下载内置参考基因组. IGV 软件 内置有多个物种的参考基因组，可以直接通过 IGV 工具下载载入。 2. 自定义参考基因组. 由于网络或其他原因，载入内置参考基因组时可能会失败，此时可以在本地构建参考 …

本文介绍了如何通过IGV查看TCGA项目中使用Affymetrix SNP 6.0芯片进行的CNV分析结果。 文章详细阐述了SEG格式文件的内容，包括样本ID、基因组区域、拷贝数变化等，并提供了示例数据的下载链接。