2024年3月18日 · 本文详细介绍了ChIP-seq、DAP-seq、ATAC-seq和CUT&Tag等技术在生物学研究中的作用，重点讲解了如何利用IGV工具进行转录因子结合、组蛋白修饰等信号的可视化。

要绘制peak峰图需要用到一款软件—IGV（Integrative Genomics Viewer），这是一款基于java的免费软件，可对基因组各类数据进行整合与可视化，软件官网还贴心地为科研人提供了Windows、MacOs、以及Linux等版本。

2024年10月4日 · IGV 支持芯片数据，NGS 数据，基因组注释等多种类型的数据，各种类型的信息以行为单位进行展示，称为 track，不同类型的 数据可视化 方式不同。 官网：https://software.broadinstitute.org/software/igv/ 网页版：https://igv.org/app/ 1. 下载内置参考基因组. IGV 软件 内置有多个物种的参考基因组，可以直接通过 IGV 工具下载载入。 2. 自定义参考基因组. 由于网络或其他原因，载入内置参考基因组时可能会失败，此时可以在本地构建参考 …

2021年1月14日 · IGV(Integrative Genomics Viewer)是一款本地的探索基因组数据的可视化浏览器，它拥有多个系统版本，支持多种不同类型的输入格式，包括芯片测序、二代测序、基因组注释文件等，如下表所示文件均可使用IGV查看。

2020年9月17日 · 数据类型一般甲基化、ATAC和ChIP都可以用bedGraph格式文件，基因组注释用UCSC12列bed格式文件，而Hi-C数据需要提供HicPro的矩阵文件。 制作配置文件，需要用 make_tracks_file 命令，也可以按照模板手动填写。

2020年2月22日 · Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS2) 是用来检测DNA片段富集的软件，尽管当时是针对Chip-seq开发的，但是其非常好的适用于ATAC-seq。现在ATAC-seq主流的call peak软件依然是MACS2。

2019年12月16日 · （一）利用IGV同时查看Chip-seq和ATAC-seq的结果 拿到所有CHIP-seq和ATAC-seq的bw文件，可以在IGV里将这些文件一起导入，然后搜索基因cdc25b，查看基因附近的峰的情况：

2020年8月7日 · ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing)，利用超活性的Tn5转座酶容易结合在开放染色质的特性，通过Tn5酶切割基因组，在对切割下来的序列形成的转座酶复合物上，连接测序的barcode，构建成测序文库，并对测序文库进行测序，获得结合区域相关信息。 ATAC反应原理示2.优势. 3.ATAC-seq实验的几个建议. 良好的实验设计以及操作是ATAC-seq成功的关键，关于实验策略有如下建议 [8]： 数据量：测序数 …

ATAC-seq的数据分析主要是检测信号峰值，就是peaks，不同样品的peaks的差异主要是两个思路，使用韦恩图展现有无peaks的差异，另外就是使用散点图展现高低强弱的peaks差异。

2018年7月17日 · Output interface of GUAVA allows users to easily view these normalized ATAC-seq signals on the IGV. With one click, the ATAC-seq data track, peaks and genome will be loaded onto the IGV. Multi-threading is used to open multiple instances on the IGV.