
GWAS之表型最优无偏预测(BLUP)与遗传力计算 - 简书
2019年2月27日 · 最佳线性无偏预测(Best Linear Unbiased Prediction,简称BLUP)可以对多环境数据进行整合,去除环境效应,得到个体稳定遗传的表型。BLUP是表型处理的常用做法。R包lme4中lmer函数是BLUP分析常用的方法,在很多NG文章都引用了该方法。
Genomic BLUP Decoded: A Look into the Black Box of Genomic …
Genomic best linear unbiased prediction (BLUP) is a statistical method that uses relationships between individuals calculated from single-nucleotide polymorphisms (SNPs) to capture relationships at quantitative trait loci (QTL). We show that genomic ...
混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 计算育种值与GWAS表型性状数据整合 …
最佳线性无偏预测(Best Linear Unbiased Prediction,简称BLUP)可以对多环境数据进行整合,去除环境效应,得到个体稳定遗传的表型。BLUP是表型处理的常用做法。R包lme4中lmer函数是BLUP分析常用的方法,在很多NG文章都引用了该方法。
多年多点的表型处理表型值处理BLUP和BLUE值 - 简书
2023年10月25日 · BLUP值和BLUE值的区别: 估计随机效应(BLUP):用于估计随机效应的最佳线性无偏预测值(Best Linear Unbiased Predictor) 估计固定效应(BLUE):用于估计固定效应的最佳线性无偏估计值(Best Linear Unbiased Estimator) BLUP值预测品种将来的表现 BLUE值预测品种现在的表现。
最全的BLUP分析 - CSDN博客
2019年5月27日 · 在使用BLUPF90软件进行遗传评估时(GBLUP、ssGBLUP),有时会需要准备基因型文件如snp.ped、snp.map,本文介绍两个制作blupf90所需基因文件的方法。 BLUE和 BLUP 的比较及使用R 语言 计算它们
BLUE和BLUP的比较及使用R语言计算它们 - CSDN博客
2024年7月9日 · BLUE值一般是矫正的表型值,尺度和表型值一致,如果是多个重复或者多年多点的数据,可以将其代替平均值进行相关GS和GWAS的分析。 BLUP值一般用于品种排名,品种选种时的依据。 使用R语言计算BLUP。 多环境:意味着实验在多个不同的环境中进行,比如不同的地点、年份、栽培条件等。 无重复:在每个环境中,基因型样本没有重复。 这意味着同一个基因型在某个特定环境下只出现一次,没有进行重复实验。 lines env y . <chr> <chr> <chr> . #因子 …
最佳线性无偏预测 - 维基百科,自由的百科全书
最佳线性无偏预测 (best linear unbiased prediction, 简称 BLUP),又音译为“布拉普” [1],是统计学上用于 线性 混合模型 对 随机效应 (英语:Random effects model) 进行预测的一种方法。 最佳线性无偏预测由 Charles Roy Henderson (英语:Charles Roy Henderson) 提出。 随机效应的最佳线性无偏预测(BLUP)等同于固定效应的 最佳线性无偏估计(best linear unbiased estimates, BLUE) (参见 高斯-马尔可夫定理)。 因为对固定效应使用 估计 一词,而对随机 …
Best Linear Unbiased Prediction (BLUP) is a method of estimating random effects. Invented by Charles R. Henderson (1950) to estimate genetic merit of an animal (breeding value). Has since been a routine genetic evaluation and boosted genetic gain in livestock and crop breeding. Fundamental method in the era of genomic selection.
Best Linear Unbiased Prediction (BLUP) - cnsgenomics.com
2024年6月28日 · BLUP is a method to simultaneously estimate the effects of all SNPs by treating them as random effects. In contrast to ordinary least squares (OLS), a standard method used in GWAS, BLUP does not require SNP selection/filtering and imposes shrinkage that ensures unbiasness (E(u^|data) = u E (u ^ | d a t a) = u).
Different methods to calculate genomic predictions—Comparisons of BLUP ...
2012年7月1日 · In random regression SNP marker models (later called SNP-BLUP), the marker effects are estimated with BLUP, assuming a normal distribution and equal variance for all markers. Subsequently, DGV can be calculated by summing the effects of …