Decoding SAM flags. This utility makes it easy to identify what are the properties of a read based on its SAM flag value, or conversely, to find what the SAM Flag value would be for a given combination of properties.

BAM文件中flag的释义一直很含糊，看了很多官方文档和博客都解释得似懂非懂，今天就详细地了解了一下，首先： 图中有两条记录，其中第二列即为flag值。

2016年4月27日 · 在bam文件中，第10列代表的是序列，第11列代表的是序列的质量，根据第二列的flag还可以确定序列是R1还是R2, 但是当序列本身比对到参考序列的负链时，即flag 包含16时，bam文件中记录的序列是原始序列的反向互补序列，而且质量值也是反向的，所以根据这样的 ...

2021年7月7日 · 这篇博客详细解释了BAM文件格式中各种Flag的含义，包括双端测序、正确配对、未映射、反向映射等状态，并提供了如何使用samtools flagxxx命令查询Flag字段。

1. bam文件 各列的意义. 主体部分有11个主列和1个可选列; 1.QNAME 比对的序列名称 例如：M04650:84:000000000-B837R:1:1101:22699:1759（一条测序reads的名称） 2.FLAG Bwise FLAG（表明比对类型：paring，strand，mate strand等） 例如：99; 3.RENAME 比对上的参考序列名 例如：NC_000075.6

2024年6月1日 · 本文介绍了BAM文件的比对信息，特别是FLAG和CIGAR字段，详细解析了它们的含义。 FLAG用于表示read的比对状态，CIGAR字符串则直观展示比对细节。 此外，还讲述了如何使用samtools view提取BAM文件的特定区域，以及生信分析进阶的相关资源。 BAM 文件时存储比对数据的常用格式，可用于短reads和长reads数据。 BAM是二进制压缩格式，SAM文件为其纯文本格式，CRAM为BAM的高压缩格式，IO效率相比于BAM略差，但是占用存储空间更小。 1. …

BAM（Binary Alignment/Map format简写）格式文件，SAM的二进制格式文件，通过 BGZF library 参考库压缩而成。 2、术语与概念理解. 该部分有助于后文SAM格式理解，后文反复出现如下概念。 模板（Template）：一段DNA/RNA序列，它的一部分在测序仪上被测序，或被从原始序列中 ...

接下来重点要说的是BAM的核心：record（有时候也叫alignment section，即，比对信息）。这是我们通常所说的序列比对内容，每一行都是一条read比对信息，它的记录看起来是这样的：

2020年3月25日 · 每次遇到BAM文件flag值都有一些困惑，时间越久越迷惑。 在此，针对BAM文件中的flag信息进行梳理和解释： 记录于BAM文件的第2列，以bwa软件比对结果为例 可以使用s...

2022年4月7日 · sam是短序列比对默认的标准格式，是以TAB为分割符的文本格式。 主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，另外也可以表示其他的多重比对结果。 一般把测序reads比对到参考基因组以后，通常得到的就是sam文件。 BAM就是SAM的二进制文件，具有更小的存储空间，并且许多下游分析工具使用的是BAM格式。 第1列：fastq的read ID. 第2列：FLAG（如果某一个数值不是下面的任意值，那么那个数值就是下面这些数里面几个的和） …