wes (全外显子检测) 是进行 tmb检测的“金标准”，多项研究发现采用wes 所得的 tmb 与免疫治疗临床获益相关。wes覆盖了编码区大概 2.2 万个基因（约 18 万个外显子，30 mb），占整个基因组的1%，其中包括大多数已知致病突变。

肿瘤突变负荷 (tumor mutation burden,TMB)是指肿瘤基因组去除胚系突变后的体细胞突变数量。 定义为每百万碱基中被检测出的，体细胞基因编码错误、碱基替换、基因插入或缺失错误的总数。 肿瘤突变负荷是一种定量的生物标志物，它反映了肿瘤细胞所携带的突变总数。 具有高1MB的肿瘤细胞具有较高的新抗原水平，这被认为可以帮助免疫系统识别种瘤并刺激抗肿瘤T细胞的增殖和抗肿瘤反应。 肿瘤细胞的突变会随时间推移而不断蓄积，这种现象在正常细胞中是看不到的。 …

WES is the “gold standard” for measuring TMB, allowing for the detection of somatic coding mutations (non-synonymous) present within the entire exome. WES targets ~30 Mb of coding regions, covering all ~22 000 genes and making up ~1% of the genome. The definition of TMB varies by the measurement method utilized.

2021年10月26日 · Though whole exome sequencing (WES) is the gold-standard for measuring tumor mutational burden (TMB), the development of gene-targeted panels enables cost-effective TMB estimation.

全外显子组测序 (WES)是获得TMB的金标准；而 靶向测序 panels可行性更高。 不过主流panels使用panel-TMB（基于panels的TMB）和WES-TMB（基WES的TMB）的“相关性” (R2)来验证TMB评估结果的准确性，这可能容易被每个癌种中相对超高的TMB病例干扰。 FDA批准的FoundationOne CDx (F1CDx) panel-TMB评估结果似乎是可靠的 (33个（Cancer Genome Atlas数据库）癌种有中24个R2 ≥0.75)，但大多数都被相关性高估了，因为只有7种癌种具有令人满意的超过90%的准 …

2021年12月1日 · Calibration curves specific to each panel assay were developed to facilitate translation of panel TMB values to whole exome sequencing (WES) TMB values. Panel sizes >667 Kb are necessary to maintain adequate PPA and NPA for calling TMB high versus TMB low across the range of cut-offs used in practice.

2019年11月9日 · TMB(Tumor mutation burden)既然这么热，那么我需要知道TMB是如何计算的： TMB的定义通常是基因组中每1Mb蛋白编码区的平均突变个数。 所以我们可以通过WES全外显子测序，通过call somatic variant（去除胚系DNA变异），然后除以人类蛋白编码区长度MB即可（我 …

tmb定义是：每mb区域里非同义突变的体细胞变异个数。 下图是MSKCC发表的MSK-IMPACT跟WES对比得结果[1]。 最理想的情况是MSK-IMPACT TMB与Exome TMB值一致，但事实有不可忽视的差异，例如我们选择TMB>10为高TMB值，那么有很大一部分如图1区域在WES判定为低TMB但在MSK-IMPCAT中 ...

美国FDA目前批准了3个检测肿瘤TMB（ tumor mutation burden）的方法：Omisc Core WES、MSK-IMPACT、FMI。 如果按实验流程及操作复杂度来讲，这可能是有史以来最复杂的病理诊断方法。

2019年12月5日 · 关于Omisc Core WES 计算TMB的一点见解. 上周FDA授予Nanthealth公司Omisc Core WES基因检测许可，这是FDA批准的首个使用全外显子测序方法来检测实体瘤的体外诊断产品。Omisc Core比先前FDA批准的MSK-IMPACT测序区域大了20倍。