
GWAS之表型最优无偏预测(BLUP)与遗传力计算 - 简书
2019年2月27日 · 最佳线性无偏预测(Best Linear Unbiased Prediction,简称BLUP)可以对多环境数据进行整合,去除环境效应,得到个体稳定遗传的表型。BLUP是表型处理的常用做法。R包lme4中lmer函数是BLUP分析常用的方法,在很多NG文章都引用了该方法。
Genome-wide association study identifies QTL for girth and dry rubber …
2024年9月15日 · This observation suggests that genetic effects play a dominant role in shaping the traits of girth and DRY in rubber trees. The BLUP values of girth and DRY across three environments were recorded for subsequent analysis.
Resequencing-based QTL mapping of girth and rubber yield traits …
2024年12月15日 · Early QTL mapping studies of rubber trees were primarily focused on South American leaf blight (SALB), a fungal disease that has hindered rubber tree cultivation in South and Central America. For example, the initial genetic map of rubber tree revealed three QTLs conferring resistance to SALB, categorized by reaction type and lesion diameter ...
A divide-and-conquer approach for genomic prediction in rubber …
2022年10月26日 · Here, we developed a novel machine learning-based approach for predicting rubber tree stem circumference based on molecular markers. Through a divide-and-conquer strategy, we propose a neural...
Estimates of genetic parameters for the rubber yield and …
2017年4月1日 · Fourteen traits have been evaluated such as rubber yield, girth, morphological and laticiferous system traits at three years old. The genetic parameters were estimated using the software Selegen-Reml/Blup. The progeny has showed genetic variability for most traits, desirable situation in breeding programs.
(PDF) Estimation of variance components and prediction of breeding ...
2005年1月1日 · Genetic characteristics, heritability, and genetic advance in oilseed rape genotypes were estimated using the restricted maximum likelihood (REML)/Best Unbiased Linear Prediction (BLUP) method.
最全的BLUP分析 - CSDN博客
2019年5月27日 · 在使用BLUPF90软件进行遗传评估时(GBLUP、ssGBLUP),有时会需要准备基因型文件如snp.ped、snp.map,本文介绍两个制作blupf90所需基因文件的方法。 BLUE和 BLUP 的比较及使用R 语言 计算它们
For unbal-anced data sets in perennial plant species, the optimum esti-mation/prediction procedure is the REML/BLUP (restricted maximum likelihood/best linear unbiased pre-diction) (Resende et...
深入理解并证明GBLUP=RRBLUP - 知乎 - 知乎专栏
RRBLUP 就是在损失函数中添加 L2 正则化项,用矩阵形式可表示为: bb' (标记效应的和)。 上述模型的损失函数 (真实值与估计值之间的差的平方差,也称为均方差)可表示为如下矩阵形式: L (b)= (y-Xb) (y-Xb)' 因此 RRBLUP 的损失函数可表示为如下形式: L (b)= (y-Xb) (y-Xb)'+\lambda bb', 其中 \lambda 为 正则化参数. 将上述公式进行展开即可得到: L (b)= (y-Xb) (y-Xb)'+\lambda bb'=yy'+b'X'Xb-2Xby'+\lambda bb', =b' (X'X+\lambda I)b+yy'-2b'X'y.
最佳线性无偏预测 - 维基百科,自由的百科全书
最佳线性无偏预测 (best linear unbiased prediction, 简称 BLUP),又音译为“布拉普” [1],是统计学上用于 线性 混合模型 对 随机效应 (英语:Random effects model) 进行预测的一种方法。 最佳线性无偏预测由 Charles Roy Henderson (英语:Charles Roy Henderson) 提出。 随机效应的最佳线性无偏预测(BLUP)等同于固定效应的 最佳线性无偏估计(best linear unbiased estimates, BLUE) (参见 高斯-马尔可夫定理)。 因为对固定效应使用 估计 一词,而对随机 …
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