RiboSeq.Org
RiboSeq.Org hosts a collection of tools for the processing, analysis and visualization of ribosome profiling data. Explore over 13,000 Ribo-Seq samples in your browser or download processed files for further analysis offline.
干货分享|Ribo-seq：组学串联的桥梁 - 知乎 - 知乎专栏
翻译组（Ribo-seq）加上精准定量的转录组（UMI转录组），不仅可以揭示 mRNA 翻译效率，还可以在翻译层面解释翻译组与蛋白组数据的衔接机制，如翻译效率下降而转录本水平不变导致的蛋白水平的变化。 诺禾致源关联分析内容部分展示： 翻译效率（TE）：TE的改变是基因翻译水平调控的主要形式，直接影响蛋白质的产量。 通过对差异基因或差异TE基因集进行富集分析，进而可以挖掘不同条件下的差异基因或差异TE基因显著相关的生物学功能或通路。 翻译组和转录组在 …
Ribo-seq（核糖体印记测序）：翻译组测序
2024年4月18日 · Ribo-seq（Ribosome profiling或Ribosome sequencing）是一种新兴的转录组学技术，它通过深度测序被核糖体保护的mRNA片段（RPFs）来研究基因表达的转录层面和翻译层面的动态变化。 本文将介绍Ribo-seq的基本原理、应用领域、技术流程、分析内容和样本要求。 Ribo-seq（核糖体印记测序），作为一种翻译组测序技术，已被广泛应用于研究细胞内mRNA的翻译动态。 通过测序与核糖体结合的mRNA片段（RPFs），该技术能够揭示在特定条件下哪 …
国自然热点 | 翻译组测序Ribo-seq—连接转录组和蛋白组的桥梁
翻译组测序 （Ribo-seq） 是指对与 核糖体结合 的正在翻译的RNA片段进行测序，来准确获取样本中所有可翻译分子（包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA, circRNA 等）的信息与精确定量，是连接转录组与蛋白质组之间的桥梁。 Ribo-seq 是最常用的一种翻译组测序技术，该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA，得到被 核糖体保护 的正在翻译的RNA片段（ribosome footprints, RFs），然后对这些被核糖体保护的30nt左右的RNA片段进行富集、深度测序、分析。 Ribo …
Ribosome profiling - Wikipedia
Ribosome profiling, or Ribo-Seq (also named ribosome footprinting), is an adaptation of a technique developed by Joan Steitz and Marilyn Kozak almost 50 years ago that Nicholas Ingolia and Jonathan Weissman adapted to work with next generation sequencing that uses specialized messenger RNA (mRNA) sequencing to determine which mRNAs are being act...
Ribo-seq：检测正在翻译的mRNA信息，连接转录组学与蛋白质组 …
Ribo-seq能够揭示蛋白合成的时间、地点、位置、哪些蛋白质正在被合成以及蛋白质合成的调控机制。 Ribo-seq搭建了从 转录组学 到 蛋白质组学 之间的桥梁，已经广泛应用在动物、植物和微生物的研究中，用于揭示生长发育、形态建成、疾病发生、逆境胁迫响应的调控机制。 应用方向. Ribo-seq应用于研究转录本的翻译活性、鉴定翻译起始位点、 ORF 位置和蛋白质的翻译调控机制。 Ribo-seq技术已经广泛应用在动物、植物和微生物的研究中，用于揭示生长发育、形态建成、 …
7.1.Translation: Ribo-seq | Bioinformatics Tutorial
Ribo-seq (有时又称为ribosome profiling)是2009年Weissman课题组首次发表的研究细胞内蛋白翻译组的二代测序技术。 这种技术选择性的对有RNA上有核糖体结合的片段进行测序，这样就能获得很多翻译组的信息。 Ribo-seq大致步骤为： Ribo-seq数据测得的RNA片段长短与small RNA-seq相似，大约分布在25~35nt区间。 由于Ribo-seq选择性的捕获正在翻译的序列，所以其数据的测序片段大多比对到基因组的CDS (coding sequence)。 此外，Ribo-seq还有一个明显区别于其 …
Ribo-seq实验总结 - 简书
2020年1月2日 · Ribosome profiling是一种新出现的实验技术，它结合了高通量测序技术的应用，可以在全基因组水平上监测蛋白质的翻译水平，给研究细胞内蛋白质的翻译调控机制带来了新的可能。 目前Ribo-seq建库测序的原理主要是通过对细胞使用翻译抑制剂，使正在翻译的核糖体固定在mRNA序列或者起始位点上。 裂解细胞后在细胞裂解液中加入RNase，消化不受核糖体保护的mRNA，分离单一核糖体并提取纯化核糖体上未被消化的短片段mRNA，进行建库测序和相应 …
Ribo-seq核糖体印迹测序服务 - 蛋白质翻译效率|Ribo-seq …
利用核酸酶降解没有核糖体覆盖的 mRNA 片段，高通量测序获得 ribosome footprints，及核糖体分布的位置信息。 而 footprints 密度越高的位点，表明翻译延长速率越慢。 1. 了解转录本上的核糖体分布、翻译活性 2. 推测翻译起始位点、ORF 位置 3. 确定蛋白翻译效率 4. 探究翻译调控和基因表达情况 5. 鉴定新蛋白 / 新短肽. 样本类型： 1. 细胞，≥ 1×107 个细胞 / 样本 2. 组织，≥ 50mg/ 样本. 1. 常规要求至少 2 组样品，包括对照组和实验组（临床样本为正常人组和患者组） 2. 每个样 …
RiboSeq.Org: an integrated suite of resources for ribosome …
2024年11月14日 · RiboSeq.Org, with its suite of tools including GWIPS-viz, RiboGalaxy, Trips-Viz and now the RDP, together forms a comprehensive ecosystem for Ribo-Seq data analysis and visualisation. This integrated approach offers several key advantages: Standardisation of preprocessing steps across all RiboSeq.Org resources, reducing redundancy and ...