2022年10月20日 · Tandem Repeats Finder is a program to locate and display tandem repeats in DNA sequences. In order to use the program, the user submits a sequence in FASTA format. There is no need to specify the pattern, the size of the pattern or any other parameter. The output consists of two files: a repeat table file and an alignment file.

2018年11月18日 · 使用 RepeatMasker软件对鸭基因组重复序列检测，识别删除（转座子和其他重复元件）区域或这些区域内20 个碱基内的 TRF 结果，保留基序长度在2到6个碱基对之间的重复序列。写出涉及的所有脚本

Tandem Repeats Finder (TRF) 是一个用于分析 DNA 序列中串联重复序列的程序。 串联重复序列是指 DNA 中两个或多个相邻的、近似重复的核苷酸模式。 TRF 可以帮助用户定位和展示这些重复序列。

2019年4月21日 · TRF软件是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便。 1. 重复序列分为串联重复序列和散在重复序列（转座子）； 串联重复序列又包含卫星序列 >100bp；小卫星序列 10bp < <100bp；微卫星序列 <=10bp；软件有TRF,RepeatMasker

动植物基因组注释包括重复序列注释以及基因结构注释，重复序列注释是注释中非常重要的环节，主要包括的软件有Trf、LTR_Finder、Piler、RepeatScout、RepeatModeler、Repeatmasker和repeatproteinmask。

Tandem Repeats Finder is a program to locate and display tandem repeats in DNA sequences. In order to use the program, the user submits a sequence in FASTA format. There is no need to specify the pattern, the size of the pattern or any other parameter. The output consists of two files: a repeat table file and an alignment file.

2019年3月23日 · TRF（tandem repeats finder）使用手册（三） Command lline: trf File Match Mismatch Delta PM PI Minscore MaxPeriod [options] Where:(all weights, penalties, and scores are potive) 简单理解，即所有参数都为正数。 FIile = sequences input file（输入文件，需为fasta格式） Match = matching weight（匹配上的权重）

2025年1月10日 · Tandem Repeats Finder (TRF) 是一个程序，用于定位并显示 DNA 序列中的串联重复。 用户只需提交一个以 FASTA 格式编写的序列，无需指定重复模式、模式大小或其他参数。 程序输出两个文件：一个重复表格文件和一个比对文件。 重复表格文件可以在 网页浏览器 中查看，包含每个重复的相关信息，包括其位置、大小、拷贝数量和核苷酸组成。 点击表格条目中的位置索引，可以打开另一个浏览器页面，显示重复序列与共识模式的比对结果。 程序运行速度非 …

串联重复序列 (Tandem Repeat,TR),即相邻的、重复两次或多次特定核酸序列模式的重复序列,分为微卫星 (MicroSatellites),1-6个碱基为一个重复单元的简单重复序列 (simple sequence repeats),以及10-60个碱基的长序列为一个重复单元的小卫星重复序列 (MiniSatellites)。 串联重复单元具有种属组成特异性,可作为物种的遗传性状,做进化关系的研究。 散在重复序列主要是转座子序列 (transposable elements, TEs)。

2024年9月21日 · Tandem Repeats Finder (TRF) 是一个用于分析 DNA 序列中串联重复序列的程序。 串联重复序列是指 DNA 中两个或多个相邻的、近似重复的核苷酸模式。 TRF 可以帮助用户定位和展示这些重复序列。 用户只需提交一个 FASTA 格式的序列文件，无需指定模式、模式大小或其他参数。 程序会生成两个输出文件：一个重复表文件和一个对齐文件。 重复表文件包含每个重复序列的位置、大小、拷贝数和核苷酸内容等信息。 2. 项目快速启动. 首先，克隆 TRF 的 …