2024年4月1日 · A comparative analysis of 36 S. lugdunensis whole genome sequencing data revealed three major mutation types, unknown deletion mechanism that caused most of lug operon genes lost, mobile genetic element (MGE) insertion, and nonsense mutations, which potentially damaged lugdunin production.

Methods: A comparative analysis of 36 S. lugdunensis whole genome sequencing data revealed three major mutation types, unknown deletion mechanism that caused most of lug operon genes lost, mobile genetic element (MGE) insertion, and nonsense mutations, which potentially damaged lugdunin production. A total of 152 S. lugdunensis clinical ...

2024年3月21日 · mobileOG-db数据库有“核心”和“辅助”两种 MGE 功能模块，包含介导细菌可动遗传元件和噬菌体的整合/切除（IE）、复制/重组/修复（RRR）、稳定/转移/防御（STD）、生物间转移（T）、噬菌体相关生物过程（P）五个主要类别 以及这些过程的相关转录调节因子。

2020年5月21日 · 可移动基因元件 (MobileGenetic Element，MGES) 是指包括病毒、质粒和转座子在内，如质粒、噬菌体、整合和结合元件，可促进微生物的进化。 可移动基因元件 ( mobile genetic elements，MGEs) 主要包括 插入序列 (IS) 、 转座子 (transposons) 、 整合子 (integrons) 、 自转移广宿主质粒（self-transmissible broad host range plasmids) 、 基因岛 (genomic islands) 和 噬菌体 ( phage) 等．目前，诸多科学家已开始广泛关注MGEs 水平转移 ( horizontal gene …

2020年1月8日 · Mobile genetic elements (MGEs) contribute to bacterial adaptation and evolution; however, high-throughput, unbiased MGE detection remains challenging. We describe MGEfinder, a bioinformatic toolbox that identifies integrative MGEs and their insertion sites by using short-read sequencing data.

可移动遗传元件（Mobile Genetic Elements，MGEs）可介导各类编码基因在细胞间转移和传播。 这些MGEs包括：质粒、转座子（Transposon，Tn）和整合接合元件（Integrative Conjugative Elements，ICEs）。 ICEs是细菌移动遗传元件的重要成员，通常整合在细菌染色体上，可编码功能齐全的接合机制，因此在细菌细胞之间具有自传性。 ICEs可携带编码毒力因子和获得性耐药基因，可以赋予宿主选择性优势，使ICEs成为细菌适应和进化的重要驱动力。 ICEs通常包含重组 …

The custom MGE database was created by fetching CDS for genes that were annotated as IS*, ISCR*, intI1, int2, istA*, istB*, qacEdelta, tniA*, tniB*, tnpA* or Tn916 transposon ORFs or genes in the NCBI nucleotide database and it also includes the PlasmidFinder database.

2023年1月8日 · 题目为：mobileOG-db: a Manually Curated Database of Protein Families Mediating the Life Cycle of Bacterial Mobile Genetic Elements；这个库更适合长序列注释，也就是contig更加适合这个库，我也对比了一下18年的那个可移动 元件库，这个确实丰度的多。 这里的基因数量超过了80万，远比18年MobileGeneticElementDatabase数据库内容多。 首先建立conda 虚拟环境，其次装依赖工具： 使用diamond构建索引.

目前可用的细菌移动遗传元件 (MGE) 数据库包含“核心”和辅助 MGE 功能模块，后者通常仅与元件短暂相关。 这些辅助基因的存在，通常是主要固定基因的密切同源物，限制了这些数据库用于 MGE 注释的可用性。 为了克服这一限制，我们分析了来自七个 MGE 数据库的 10,776,212 个蛋白质序列，以编译一个包含 6,140 个与“生命周期”（整合、切除、复制/重组/修复、转移和稳定性）相关的手动策划的蛋白质家族的综合数据库/防御）所有主要类别的细菌 MGE。 我们叠加实验信 …

2024年3月21日 · MGE（MobileGeneticElementDatabase）由278个不同基因名称注释的基因和2000多个独特序列组成，不包括来自质粒数据库的序列。 解压后为 fasta格式，大小2.4M，包含2714条序列。 来源： https://www.nature.com/articles/s41467-018-06393-wMGE（ MobileGeneticElementDatabase）由278个不同基因名称注释的基因和2000多个独特序列组成，不包括来自质粒数据库的序列。 github： https://github.…