HYPHY X Nerve Jumprope 聯名最強組合，一同打造燃脂運動新指標 長期致力翻轉跳繩印象並融入生活，成為有趣燃脂運動的 Nerve Jumprope 聯名合作推出 HYPHY 限定版跳繩。

2023年10月21日 · HyPhy的全称是Hypothesis Testing using Phylogenies，是一款近些年受到广泛使用和关注的一款用于选择压力分析的软件。 相较经典的选择分析软件PAML的codeML，HyPhy操作更简单一点，并且支持多线程运行，并使用了更新的模型，模型数量也更多。 尤其是HyPhy的BUSTED模型，官方说比PAML的分支-位点模型（branch-site models）更强大和准确。 网页版（datamonkey）： https://www.datamonkey.org/，在网页 …

2021年2月25日 · Hyphy，不亚于Paml的选择压力分析的优秀软件，使用指北. 近几年来，Hyphy的使用人数越来越来多，虽然不及paml，但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。 首先相比paml，hyphy有以下几大优点： 操作使用简单。 运行效率更高，支持多线程。

2024年12月2日 · HyPhy的RELAX模型是用来检测系统发育树上的指定分支是否经历了负选择的放松或加强的模型。 RELAX检测选择压力与一组指定的 “前景(foreground)/测试 （TEST）”分支的放松（正选择和负选择都变弱）或加强（正选择和负选择都变强）。

HyPhy development has received support from the NIH (R01GM151683, U01GM110749, U24AI183870, R01GM093939), and the NSF (2027196, 2419522).

HyPhy is an open-source software package for the analysis of genetic sequences using techniques in phylogenetics, molecular evolution, and machine learning. It features a complete graphical user interface (GUI) and a rich scripting language …

Hyphy运行的时候，默认打印到屏幕上的结果是以markdown格式输出的，而保存到本地文件的结果是以json格式输出的(json格式可以很方便的用python的json模块提取各种信息，例如pvalue和正选择位点，适合多个任务批量操作)。

HyPhy provides powerful tools to select sites and sequences from a data set to analyze. The simplest data filter specifies the entire data set. Examples of non-trivial filters include: every first and second position in a codon, exon-intron-exon arrangements, or alignments sites matching a particular motif, such as glycosylation sites.

HyPhy，全称为Hypothesis testing using Phylogenies，是一款开源的软件包，专为基于进化树的遗传序列分析而设计。 它提供了完整的图形用户界面（GUI）和自定义分析的强大脚本语言支持，并支持并行计算环境，可从Python和R等其他编程环境中调用。

2022年8月29日 · Hyphy (Hypothesis Testing using Phylogenies)是一个通过系统发育学、分子演化和机器学习技术分析遗传序列（尤其是推断是否存在自然选择）的开源软件包。 HYphy的用途： HYphy is most commonly used for characterzing the evolutionary process, inparticular: 1 detecting signitures of selection. 2 estimating evolution rates. 3 comparing different evolutionary models. 4 fitting customa models to sequence alignments.