GC skew也即GC歪斜或GC偏倚，用来衡量在单链DNA中碱基G和C相对含量的不同。 双链DNA其G的含量一定等于C的含量，然而G和C在每条单链的含量不一定相同，在每条单链中G与C含量的偏移就叫GC skew。

GC skew is when the nucleotides guanine and cytosine are over- or under-abundant in a particular region of DNA or RNA. GC skew is also a statistical method for measuring strand-specific guanine overrepresentation.

GC skew = (G - C)/ (G +C),用来衡量G和C的相对含量，如果G大于C则GC skew的值为 正值，G小于C则为负值。 在大多数细菌基因组中，我们注意到前导链 (leading strand)和滞后链 (lagging strand)在碱基组成上存在很明显的不同——前导链富含G和T，而滞后链中的A和C更多一些。 打破A=T和C=G的碱基频率发生的偏移，被称之为“AT (AT-skew)”和“GC (GC-skew)”。 由于通常GC偏移比AT偏移发生的更明显，所以习惯上更多地只考虑GC偏移。 因为GC偏移在前导链中是正 …

计算 GC%含量 （GC% content）； 计算 GC偏移 （GC% skew）； 评价. 总体来说，足够傻瓜，新手友好； 能在网站上手动添加feature的信息； 美中不足 还是不能像Circos这个可视化软件一样把多条基因序列堆叠起来，一次仅能展示一条基因组的信息； 不支持和弦图；

What is GC Skewing? If DNA were random strings of letters, you would expect about half of the G's in a genome to be on the leading strand, and the other half on the lagging strand. However, one strand of DNA often has significantly more than its share of G's (thereby causing the other strand to have significantly more than its share of C's).

2022年3月22日 · GC skew denotes the relative excess of G nucleotides over C nucleotides on the leading versus the lagging replication strand of eubacteria. While the effect is small, typically around 2.5%, it is...

2022年2月9日 · 大体是看看基因组序列中未知碱基的分布（一般用 N 指代），以此来判断基因组不同区域的组装质量（是否有 Gap 等）。 正好手上的项目确实需要用上，同时我也想起来多年前做细菌基因组时 GCskew 等指标的计算。 于是顺手在 TBtools 中增加了一个小功能。 界面如下： 使用起来太过简单，一般啥也不用管，直接拿到一个基因组的 Fasta 序列文件即可动工。 大体文件内容如下. 使用 Advanced Circos 进行简单可视化，可见. 可以看出： 拟南芥 Chr1 的中间部 …

GC skew也即GC歪斜或GC偏倚，用来衡量在单链DNA中碱基G和C相对含量的不同。 双链DNA其G的含量一定等于C的含量，然而G和C在每条单链的含量不一定相同，在每条单链中G与C含量的偏移就叫GC skew。

Here we propose and discuss the GC skew index (GCSI) for the quantification of genomic compositional skew, which combines a normalized measure of fast Fourier transform to capture the shape of the skew graph and Euclidean distance between the two vertices in a cumulative skew graph to represent the degree of skew.

2020年12月4日 · In this study, we propose a new method, SkewIT (Skew Index Test), for validating bacterial genome assemblies based on the phenomenon of GC-skew. We applied this method to 15,067 complete bacterial genomes in RefSeq, identifying many potential misassemblies as well as trends in GC-skew that are characteristic of some bacterial clades.