基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold 和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读 (reads)中找到的一致性序列。 组装的第一步就是从短片段 (pair-end)文库中组装出contig。 进一步基于不同长度的大片段 (mate-pair)文库，将原本孤立的contig按序前后连接，其中会调整contig方向以及contig可能会存在开口 (gap,用N表示)，这一步会得到scaffolds,就相当于supercontigs和meatacontigs。 最后基于遗传图谱或光学图谱将scaffold合并调整，形成染色 …

2022年8月13日 · 这篇博客详细介绍了基因组组装的过程，包括利用FastQC进行质量控制，通过fastp去除低质量序列，使用SPAdes进行组装，并通过Kmer估计基因组大小。 最终，使用Quast评估组装结果，分析了组装的scaffolds和contigs的统计信息。

2023年8月17日 · 最终输出5个目录，我们需要的primary assembly就在4-fsa里的contigs.fasta。 用assembly-stats查看下，总共组装出1210个contig共782.4Mb，平均长度为0.65M，最大的一条contig为20.04M，contigN50为6.79M，单纯从contigN50这个参数上这个软件是不如前两款软件的。

2024年1月18日 · contigs.fasta： 这个文件包含组装得到的连续序列（contigs）。 它是组装结果的重要部分，可以用于后续的基因组注释和分析。 contigs.paths： 这个文件包含组装图的路径信息，其中列出了 contigs 的连接关系。 它可以帮助了解组装图中 contigs 之间的连接方式和顺序。

2022年9月6日 · #contigs.paths:组装图中包含与contigs.fasta对应的路径。 路人里的路人 Take care of yourself and be well!

读取fasta文件，将每个contig的序列和长度存储到一个字典中。 遍历字典中的每个contig，筛选出长度大于500 bp的contig，并将其序列写入一个新的fasta文件中。

2024年1月22日 · samtools fastq contigs.bam > contigs.fasta 通过理解 Contig 和脚手架的概念，并掌握从脚手架中提取 Contig 的技术，您可以深入研究基因组数据，揭示其隐藏的奥秘。

Canu creates three assembled sequence output files: <prefix>.contigs.fasta, <prefix>.unitigs.fasta, and <prefix>.unassembled.fasta, where contigs are the primary output, unitigs are the primary output split at alternate paths, and unassembled are the leftover pieces.

contigs 是将所有质控后的readsmap到拼接结果中，统计落到每个contig中的全部reads数目作为contig的丰度，用每条Contig上映射的reads的总碱基数除以该Contig长度来计算每个Contig的覆盖度

2024年10月31日 · You want to know how many contigs and scaffolds result from the assembly. Use contigs.fasta and scaffolds.fasta files and sort the commands to create correct code lines.