2024年5月16日 · Bowtie 2 is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to …

Bowtie 2 is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie 2 is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s of characters to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie2 是将测序reads与长参考序列比对工具。 适用于将长度大约为50到100或1000字符的reads与相对较长的基因组（如哺乳动物）进行比对。 Bowtie2使用 FM索引 （基于 Burrows-Wheeler Transform 或 BWT）对基因组进行索引，以此来保持其占用较小内存。 对于人类基因组来说，内存占用在3.2G左右。 Bowtie2 支持间隔，局部和双端对齐模式。 可以同时使用多个处理器来极大的提升比对速度。 Cufflinks：一种转录组装的工具和 SAM 中 Bowtie2 输出对齐的异 …

2024年3月10日 · Bowtie2 是将测序reads与长参考序列比对工具，适用于将长度大约为50到100或1000字符的reads与相对较长的基因组（如哺乳动物）进行比对。Bowtie2使用FM索引（基于Burrows-Wheeler Transform 或 BWT）对基因组

2023年6月7日 · Bowtie2 是将测序后的 reads 与长参考组的比对工具 (适用于将长度大约为50~1000bp的reads与相对较长的基因组, 如哺乳动物,进行比对)。 通常是比较基因组学 (包括 variation calling，ChIP-seq，RNA-seq，BS-seq)管道的第一步。 可以处理非常长的 Reads（即10~100kb），但它针对近期测序仪产生的 Reads 长度和误差模式进行了优化，如Illumina HiSeq 2000，Roche 454和Ion Torrent仪器。 Bowtie2使用FM索引（基于Burrows-Wheeler Transform …

2012年3月4日 · The Bowtie 2 software achieves fast, sensitive, accurate and memory-efficient gapped alignment of sequencing reads using the full-text minute index and hardware-accelerated dynamic programming...

2019年7月28日 · 测序数据分析软件，Bowtie是一个超快的，存储高效的短序列片段比对程序。 它能够以每小时处理2500万35bp reads的速度，将短的DNA序列片段（reads）比对到人类...

Bowtie2 是将测序后的 reads 与长参考组的比对工具 (适用于将长度大约为50~1000bp的reads与相对较长的基因组, 如哺乳动物,进行比对)。 Bowtie2使用 FM索引 （基于 Burrows-Wheeler Transform 或 BWT）对基因组进行索引，以此来保持其占用较小内存。 对于人类基因组来说，内存占用在3.2G左右。 Bowtie2 支持间隔，局部和双端对齐模式。 可以同时使用多个处理器来极大的提升比对速度。 通常是比较基因组学 (包括 variation calling， ChIP-seq， RNA-seq， BS …

2017年9月5日 · Bowtie2和Bwa是用于短reads的比对软件，bowtie2主要用于50-1000bp的reads进行比对，生产SAM文件。 在做转录组数据分析前，会过RNA-seq数据中的tRNA等序列，常常 使用 bowtie 2 进行过滤。