2021年1月2日 · 染色体状态State的命名可以结合以上图的结果综合考虑。 此外：OUTPUTSAMPLE/GM12878_10_segments.bed是全基因组state的位置信息文件。

2019年3月4日 · ChromHMM是基于ChIP-seq组蛋白数据检测染色质状态的工具。 基因组区域特定的组蛋白修饰或修饰的组合具有特定的功能。 获取上述标记区域的方式通常是call peak， 但是，理想的情况下需要获取多个组蛋白标记的整合结果。 ChromHMM是一个基于HMM模型的用于检测染色质状态的java软件。 软件链接：http://compbio.mit.edu/ChromHMM/ Chromatin states的定义基于组蛋白修饰的不同组合和对应的不同功能区域。 其目的是将基因组区分为具有生物学 …

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2020年10月24日 · 下面来具体说一下如何使用ChromHMM做染色体状态的分类，分析之前需要准备好三种输入文件，一是染色体大小文件 (chrlen.txt)，二是组蛋白标记的样本表格 (design_sheet.txt)，三是样本比对生成的bam文件或者reads覆盖的bed文件。

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2023年8月31日 · HMM所预测的是蛋白质氨基酸序列对应的 可观测特征，这些可观测特征包括 motif、repeat、domain、family、coiled-coil、disorder，不同的 PF ID 归类进入不同的可观测特征类别。

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本文介绍了两种将BED格式文件转换为FA格式文件的方法。 一种是使用twoBitToFa工具，但该方法对于特定情况可能不适用；另一种是通过bedtools工具的getfasta功能实现转换，更为实用有效。

2021年11月3日 · DI-HMM 方法首先采用方向指数 (directionality index)来表征一个染色体区域与上下游交互作用的偏差，当这个偏差出现符号跳转时，意味着可能出现 TAD 的边界．在方向指数中利用隐马尔可夫模型可以推断出 TAD 的具体位置。