2015年4月7日 · 图为 Walter Hamilton、Helen Berman 和 Tom Koetzle，他们都是 PDB 的创建和维护的贡献者。 PDB 文件用于在模拟软件中可视化分子的晶体结构。 晶体学是一个可追溯到 1912 年的研究领域。 当时，晶体结构源自 X 射线衍射图 和数学方程式。

在对PDB（.pdb）文件进行操作时，有时仅需要保留蛋白链、核酸链、配体、或者水。 除了直接在文本文档格式下或者coot中对PDB文件中其他信息进行删除，还可以通过命令行的形式来提取，这种方法简便且不改变原PDB文件，避免出现误操作的情况。

2021年3月22日 · 问题不清楚：我理解你的问题是 1）我想知道一个 蛋白质 的 空间结构，想查查pdb，但是不知道编号。 这个好办，不需要知道 pdb编号。直接查蛋白质的名字，其他通用的ID就行了。一个蛋白质，视重要程度和实验难度，可能有从几个到上千又或者根本没有结构信息，所以蛋白质和pdb是一对多的关系 ...

2020年2月22日 · PDB门口的显示屏，摄于2019年 从左上角的世界地图可以看出，网站的访客遍布全世界。 右侧罗列了访问最多的十个的美国城市（第一名是纽约）和访问最多的十个非美国城市（第一名是佛山）。 下方的EMD-9987，则是该网站最近发布的结构。

3） 下载结构 确认蛋白质为所需结构，点击右上方的“Dowload Files”下载PDB格式的文件。

2020年4月22日 · 将蛋白质pdb与 适配体pdb 对接时会出现报错，提示蛋白质pdb有问题，我是在RCSB网站下载的蛋白pdb，是需要进行什么处理，才能在用于对接的时候不报错吗？

pdb格式 图片取自：pdbintro 其次，我们需要知道Pymol中显示颜色的方式。Pymol有各种显示颜色的方案，我们这次会利用其能够根据b-factor上色的功能。 Pymol操作为：color选项 >> spectrum >> b-factors 我们第一步要生成一个9x9x9的格子。

现在我们从 Worldwide Protein Data Bank 上下载一个pdb文件，就拿小编的研究对象 转酮醇酶 （transketolase）作为例子吧，名字为1QGD.pdb。 加载文件有二种方法：在External GUI中选择File － Open，或者使用命令行： load 。 当然也可以直接双击PDB文件打开。

2021年10月29日 · 如何从 alphafold2 蛋白质数据库下载 pdb。AlphaFold 是由谷歌的 DeepMind 开发的人工智能程序，用于预测蛋白质结构。 网址：https ...

2008年12月22日 · I am trying to use pdbcopy debugging tool for windows but I always get message saying that can't open pdb. It happens for all the pdb files. syntax for this is : pdbcopy.exe path of original pdb path of destination pdb -p e.g. pdbcopy c:\abc.pdb c:\abc1.pdb -p